1946-1967: Die Speicherblöcke A, B, C, J, K, M sowie der östliche Teil von Block O sind zerstört oder vollständig ausgebrannt. Die Blöcke A, B, C und J werden nicht wieder aufgebaut. An ihrer Stelle befindet sich heute das Hanseatic Trade Centre. Unter Leitung des Architekten Werner Kallmorgen kann von der HHLA der größte Teil der Speicher wiederhergestellt werden, auch wenn teilweise nur die Fassaden (Block M) erhalten geblieben sind. Block D, E und L sind lediglich im oberen Teil gering beschädigt und werden detailgetreu rekonstruiert. Beim Wiederaufbau können die vorhandenen Holzpfahlgründungen überall wieder verwendet werden, da die Qualität der 75 Jahre alten Gründungen noch einwandfrei ist.

1952/53: Unter den neuen gebauten Bürohäusern ragen das Freihafenamt Bei St. Annen 2 (1952/53) und Block T am Alten Wandrahm (1967) heraus, deren streng gegliederten Backsteinfassade beispielhaft für Werner Kallmorgens Bestreben sind, die Hamburger Bautradition mit modernen Mitteln wiederzubeleben.

1960: Bis zur Einführung des Containers in den späten 1960er Jahren und die darauf zurückzuführende Umstrukturierung des Hamburger Hafens sind Quartiersleute und Schiffsausrüster in der Speicherstadt bestimmend. Die aufwändige „vertikale“ Lagerung der Waren ist jedoch teuer und eignet sich  nicht für Massengüter. Zahlreiche traditionelle Nutzer müssen ihr Unternehmen aufgeben oder verlagern.

1980: Anfang der 1980er Jahre hat der Strukturwandel die Speicherstadt voll erfasst. Der Erfolg des Containers revolutioniert den Warenumschlag, den Hafen und die Lagerlogistik, das konventionelle Stückgut verliert seine Bedeutung. Der wasserseitige Schutentransport, der bereits seit den 60er Jahren kontinuierlich an Bedeutung verliert, kommt vollständig zum Erliegen. Traditionelle Lagergüter, wie etwa Kaffee oder Kakao werden zunehmend lose in Containern befördert. Auf den frei werdenden Böden floriert ab den 1980er Jahren dafür der Handel mit Teppichen – die Speicherstadt wird zum weltgrößten Lager- und Handelsplatz für Orientteppiche. Die Teppichhändler arbeiten wie die Quartiersleute mit den klassischen Winden, um ihre Ware an der Straßenseite durch LKW an- und abzuliefern.

1991: Am 15. Mai 1991 wird das Gebiet der Speicherstadt, ausgenommen die Kehrwiederspitze, zum Baudenkmal erklärt. Dies schließt sowohl historische wie auch Bauten der Wiederaufbauphase und Freiflächen ein. In der Verordnung über den Denkmalschutz heißt es: "das Gebiet wird mit seinen Gebäuden nebst Zubehör, den Grundstücksflächen, den dazugehörigen Straßenflächen, mit dem darin eingeschlossenen Wasser führenden Kanälen und Becken und sonstigen mit ihnen ein Bild darstellenden Sachen und Sachteilen dem Schutz des Denkmalschutzgesetzes untergestellt."
Durch die gesetzlichen Bestimmungen sind die Gebäude und Außenräume denkmalgeschützt und nicht mehr frei beplanbar. Baufluchten müssen entlang der Fleete erhalten und Kaimauern historisch saniert werden. Nur wenige ausgesuchte Bäume, die auch in der historischen Speicherstadt zu finden waren, dürfen erhalten bleiben.

2003: Seit mehr als einhundert Jahren gehört die Speicherstadt wieder zur Hamburger Innenstadt. Im Rahmen der Entwicklung der HafenCity wird die Zollgrenze bis kurz vor die Elbbrücken verlegt, die Zollhäuschen an den Brücken über den Zollkanal haben ausgedient.

Ab 2000: Mit den Umbauten des „Rathauses der Speicherstadt“ Bei St. Annen und der Blocks U, D, H und P wird die Umnutzung der historischen Bausubstanz unter Einhaltung von Denkmalschutzvorgaben begonnen. Unternehmen wie die HPA Hamburg Port Authority oder die Ausstellung des Miniatur-Wunderland haben in der Speicherstadt ihren Sitz, Werbeagenturen und Kanzleien entdecken den Charme der Geschichte.

Ab 2009: Mit dem Umbau der Blocks R und Q etablieren sich Showrooms für die Textil- und Möbelbranche am St. Annenufer.